Temporada
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- Temporada 2 2006-09-10
- Temporada 1 2005-11-13
Episodio
- Episodio 1: Operación Bélmez: La respuesta definitiva
- Episodio 2: Operación Bélmez: La respuesta definitiva (segunda parte)
- Episodio 3: Más allá del ébola
- Episodio 4: Proyecto alma
- Episodio 5: Misterio en el aire
- Episodio 6: Tráfico de órganos
- Episodio 7: Las grandes preguntas de la ciencia
- Episodio 8: Sobrevivieron al hombre
- Episodio 9: Martyrium
- Episodio 10: El hombre contra la epidemia
- Episodio 11: Expediente X en la policía vasca
- Episodio 12: Éxodo a las estrellas
- Episodio 13: Desaparecido en la montaña
- Episodio 14: Capitulo 14
- Episodio 15: El gabinete del miedo
- Episodio 16: El pacto de los lobos
- Episodio 17: Leonardo el visionario
- Episodio 18: El Secreto
- Episodio 19: El exorcismo de Burgos y la nave gigantesca
- Episodio 20: La guerra digital
- Episodio 21: La historia de Irene Villa
- Episodio 22: El enigma de las sirenas
- Episodio 23: Ovnis captados por la NASA
- Episodio 24: Freaks
- Episodio 25: Londres después de Medianoche
- Episodio 26: Especial programa 400
- Episodio 27: Jack, el destripador
- Episodio 28: Arqueología sacrificada
- Episodio 29: Retroproyector
- Episodio 30: Tras las huellas de Jesús
- Episodio 31: Las novias del mal
- Episodio 32: Cuarto Milenio, la exposición
- Episodio 33: Misterios tras el 11-S
- Episodio 34: El caso Morral
- Episodio 35: El misterio de las rocas errantes
- Episodio 36: El Instituto Tavistock
- Episodio 37: Pánico nuclear en Madrid
- Episodio 38: Tiburones en España
- Episodio 39: Bin Laden: la otra historia
- Episodio 40: El enigma Cervantes
- Episodio 41: ¿Un faro en el espacio?
- Episodio 42: Virales, la nueva plaga
- Episodio 43: La sexta extinción
- Episodio 44: Investigación en la base abandonada
Cuarto milenio Temporada 10 Especial programa 400
Cuarto Milenio trata sobre cualquier tema relacionado con el mundo del misterio y lo desconocido, entre los que destacan: conspiración, ocultismo, criminología, astronomía, ufología, psicología, parapsicología, demonología, arqueología, historia, zoología o física. El programa cuenta habitualmente con la participación de científicos y expertos en diversas materias como psiquiatras, físicos, historiadores, antropólogos, criminólogos, astrónomos, naturalistas, escritores o periodistas. Dirigido y presentado por los periodistas Iker Jiménez y Carmen Porter.
