札夫特军和联合军开战至今,已过了11个月。 中立国奥布的资源卫星赫利奥波利斯,悬浮在L5区。基拉・大和是在该地的工业学院就读的学生,他与平常一样出席研讨会时,在那里碰上了入侵太空殖民地,欲夺取高达的札夫特军。 配件所发生爆炸,太空殖民地内部也被MS基恩入侵,整个赫利奥波利斯陷入一片混乱。札夫特军不仅突袭成功,就连联合军秘密地制作的五架机动战士高达,也有三架落入他们手中。 找寻避难所的基拉,为了追逐一名未能及时逃脱的少女,在工厂区域内迷了路,并无意中在那里看到幸存的两架高达。同行的少女看到它们后,不知为何惊声尖叫。基拉设法让那少女找到了地方避难,自己却无处可躲。 在现场的联合军官玛硫・拉米亚斯,原想指引他到幸存的MS强袭高达中,但却遭到札夫特士兵袭击!而那个人,正是基拉的儿时好友阿斯兰・萨拉。