L'Agence de garantie de la continuité humaine, Chaldea, observe un monde qui ne peut être vu uniquement par la magie. Un jour, la lentille d'observation du futur proche Shiva incinérera l'avenir de l'humanité en 2017 - il a été prouvé que l'humanité s'éteindra. Des "zones inobservables" apparaissent soudainement à divers endroits de l'histoire - des singularités. Chaldea suppose qu'il s'agit de la cause de l'extinction de l'humanité et décide de voyager dans le passé. Des membres de Chaldea, tels que Tatsuka Fujimaru, Mash Kyrielight, Leonardo da Vinci, Romani Archiman, interviennent dans des événements de singularité, un rituel interdit pour élucider ou détruire cela - le nom est recherché pour "le Saint Graal (Grand Ordre)". Le sage roi Gilgamesh a démantelé Babylone et l'a reconstruite sous la forme d'une ville forteresse, la Babylonie, afin d'arrêter l'assaut des bêtes maléfiques. Des dieux, des bêtes et des humains. La bataille pour la survie de l'espèce a commencé.