Les survivants restant à bord de Second Earth commencent à reconstruire après l’attaque dévastatrice de Tony. Comme Yuji réfléchit à sa place dans ce monde changeant, le directeur Miyagi présente son plan pour faire de Second Earth le foyer permanent de la race humaine. Mais il y a des dissidents dissimulés sur Second Earth, et certains d'entre eux sont armés.