Face à l'horreur déclenchée par l'Alliance, ZAFT réplique d'égale manière en utilisant Genesis, son arme ultime. Désormais, les deux parties semblent avoir dépassé le point de non-retour et leur destruction mutuelle paraît inévitable. Seul le petit groupe des rebelles semble à présent être en mesure d'empêcher l'annihilation totale de l'humanité.