"Hoppets hamn" är en dokumentärfilm om hur tre flyktingar från de nazistiska koncentrationslägren tas omhand i en svensk räddningsinsats och förs till Malmö. Parallellt berättas om femtonårige Stig från Malmö som deltog som hjälparbetare. Då de tre flyktingarna anländer till Sverige år 1945 är en nyfödd, de andra 10 och 19 år. I nyinspelade intervjuer berättar de om sina erfarenheter. Filmen utgår från deras perspektiv och erbjuder ett intimt och känsloladdat möte.