Emin Alper (d. 13 Ağustos 1974; Ermenek, Karaman), Türk yönetmen; senarist, yapımcı ve akademisyen. İstanbul Teknik Üniversitesi'nde akademisyenlik ve çeşitli dergilerde yazarlık da yapan Emin Alper, Tepenin Ardı ve Abluka filmleri ile tanınır. Alper'in üçüncü uzun metrajlı filmi olan Kız Kardeşler, ilk gösterimi 69. Berlin Uluslararası Film Festivali'nin "Ana Yarışma" bölümünde gerçekleştirdi. Film, SİYAD'da 10 dalda 11 adaylık elde etti.
Liseyi Ankara Fen Lisesi’nde bitirip Boğaziçi Üniversitesi inşaat mühendisliği bölümüne girdi, fakat mutlu hissetmediği bölümünü iki yıl sonra tekrar sınava girip aynı üniversitenin iktisat bölümünü kazanarak değiştirdi. Boğaziçi Üniversitesi’nde iktisat ve tarih okudu, ardı sıra Boğaziçi Üniversitesi Atatürk İlkeleri ve İnkılap Tarihi Enstitüsü’nde Modern Türkiye Tarihi üzerine doktorasını aldı.
18 yaşındayken izlediği Kustorica filmi Çingeneler Zamanı'ndan etkilenir, kendi deyimi ile "sinemanın büyüsünün farkına varır". Üniversitede senaryo denemeleri yapan Alper, o dönem üniversitenin sinema kulübüne de üyedir. Vaktinin çoğunu sinema kulübünde, bir kısmı film sektöründe de çalışmakta olan arkadaşlarıyla geçirir. Bu dönemde senaryolar, eleştiriler yazar, sürekli notlar alır. Bu dönemde arkadaşları ile "Görüntü" dergisini çıkarır. Kulüp etkinliklerinde film tartışıp dönemin parlayan yönetmenlerini (Zeki Demirkubuz, Nuri Bilge Ceylan gibi) söyleşilere davet ederler. Aynı dönemde hep planladığı sinema geleceği netleşip şekillenir.
İstanbul Teknik Üniversitesi insan ve toplum bilimleri bölümünde akademisyen olarak dersler veren yönetmenin sinema ve siyaset üzerine Tarih ve Toplum, Birikim, Mesele, Altyazı ve Görüntü gibi dergilerde yazıları da yayımlandı.